Gérer la comptabilité de son entreprise est souvent la partie la moins fun de la vie d’entrepreneur. Heureusement, les logiciels de comptabilité ont fait d’énormes progrès ces dernières années et il n’a jamais été aussi simple de tenir ses comptes, émettre des factures et collaborer avec son expert-comptable — le tout depuis une interface en ligne.
Après avoir passé en revue le marché des outils comptables pour TPE et PME, je te propose mon comparatif complet et sans langue de bois de 15 logiciels de comptabilité. Que tu sois auto-entrepreneur, dirigeant d’une petite PME ou responsable administratif et financier, tu trouveras ici la solution qui te correspond.
Une information importante à garder en tête tout au long de cet article : à partir de septembre 2026, la facturation électronique devient obligatoire pour toutes les entreprises assujetties à la TVA. Ce critère est devenu incontournable dans le choix d’un logiciel comptable, et je t’en parle en détail dans une section dédiée.
1. Indy
Indy est un outil de comptabilité française destiné aux professions libérales et aux indépendants en SAS, SASU, EURL, SARL soumis à l’impôt sur les sociétés. Il est accessible en ligne via un navigateur web ou via une application mobile dédiée (iOS et Android). Indy permet d’automatiser la gestion de la comptabilité grâce à la synchronisation bancaire sécurisée, la catégorisation automatique des transactions, la numérisation des justificatifs certifiée et depuis votre smartphone.
En outre, il facilite la facturation pour les indépendants grâce à des fonctionnalités pratiques, la création de factures personnalisées, la gestion de prestations et la génération automatique d’avoirs. Indy accompagne également les utilisateurs dans leurs déclarations fiscales avec l’auto-remplissage des déclarations et la déclaration de TVA automatisée. Il fournit un tableau de bord en temps réel pour suivre les recettes et les dépenses par catégorie et un support client basé à Lyon répond rapidement aux questions des utilisateurs.
Les prix d’Indy sont accessibles et transparents avec des offres tout inclus à partir de 12€ par mois et sans engagement. Indy propose également une offre de comptabilité gratuite.
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2. Axonaut
Axonaut fait sans doute partie des meilleurs logiciels d’aide à la comptabilité du marché. Par ailleurs, il est surtout fait pour les TPE et PME. Cet outil facilite réellement le travail des entrepreneurs ou celui des responsables chargés de gérer les finances de la société.
Les utilisateurs peuvent notamment profiter des fonctionnalités classiques fournies par ce type de plateforme. Ils auront la possibilité de créer et d’envoyer des devis ou encore des factures. Un module de suivi des recettes et des dépenses leur permettra d’assurer une trésorerie saine. Axonaut inclut également un programme automatisé pour gérer la TVA. Divers tableaux de bord sont mis à disposition pour avoir un aperçu rapide de sa situation comptable.
Pour 49,99 euros par mois, les entreprises bénéficieront d’un logiciel très complet. Cependant, il est plus intéressant d’opter pour le plan annuel ou biannuel afin de payer plus de 20 % moins cher.
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3. Memsoft Oxygène
Memsoft Oxygène est un logiciel de comptabilité français proposant une solution complète et évolutive pour les TPE, PME, micro-entrepreneurs et associations. Ce qui distingue particulièrement Memsoft Oxygène, c’est sa formule gratuite incluant la comptabilité générale, la gestion commerciale, le CRM et la paie (moins de 10 bulletins).
L’outil couvre l’ensemble des besoins comptables : enregistrement des écritures, gestion des journaux, lettrage, déclaration de TVA, production des états financiers et gestion des immobilisations. Memsoft Oxygène est certifié conforme aux normes BOI, DGFIP et FEC, garantissant le respect de toutes les obligations légales françaises.
La plateforme offre une grande flexibilité avec deux modes de fonctionnement : une version installée localement ou une version hébergée dans le Cloud permettant le travail collaboratif jusqu’à une centaine d’utilisateurs simultanés. Les entreprises peuvent ainsi choisir le mode le plus adapté sans changer d’outil.
Pour accompagner les utilisateurs, Memsoft Oxygène propose une aide en ligne, des vidéos d’apprentissage et un dossier de démonstration. Les fonctionnalités avancées incluent l’automatisation comptable, la génération automatique d’écritures, l’e-facture, la DSN et des modules métiers personnalisables via Oxygène HD pour répondre aux besoins spécifiques des structures en croissance.
4. Pennylane
Pennylane est également une entreprise française qui s’est d’abord développée en tant que cabinet d’expertise-comptable. Elle a ensuite décidé de se lancer dans l’édition de logiciels. Actuellement, la compagnie enregistre plusieurs milliers de structures utilisatrices.
Il s’agit d’une plateforme connectée aux multiples modules, très pratique pour les entrepreneurs, même sans grande expérience en comptabilité. L’outil permet d’enregistrer et de consulter les données financières de sa société. Il dispose d’options dédiées pour générer factures et devis en quelques clics. Les fournisseurs pourront être payés via Pennylane grâce à une synchronisation avec sa banque.
Afin de pouvoir profiter de tous les avantages offerts par Pennylane, le tarif comme dès 29 euros par mois HT pour une petite entreprise. Un support client réactif sera à disposition des utilisateurs. Un accompagnement sera également fourni au moment du déploiement du logiciel.
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5. Magniv Pro
Magniv Pro est un logiciel de facturation recommandé pour les auto-entrepreneurs, les MPEs, TPEs et les indépendants. Cet outil de facturation est 100 % français. Il est conçu pour faciliter la gestion des factures et des paiements, mais également pour la réalisation rapide et pratique des différentes tâches administratives.
Ce logiciel développé entièrement en France est en premier lieu axé sur les fonctionnalités utiles à la facturation. Il permet à l’utilisateur de personnaliser l’espace de création des factures pour un suivi optimisé en toute simplicité. Les factures et les devis sont ensuite envoyés directement par e-mail depuis cet espace. L’opération devient encore plus simple et plus professionnelle avec le tableau de suivi sur lequel il est possible de choisir le logo, le style de facture et les couleurs selon le titulaire.
Magniv Pro se démarque également par ses services complets, même en mode gratuit (jusqu’à 5000 € facturés par an). Il propose également un moyen de paiement en ligne sécurisé avec Stripe. Collaboratif, ce logiciel accepte 5 utilisateurs en mode invité.
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6. iPaidThat
TPE, PME, experts comptables et différentes entreprises peuvent trouver leur bonheur avec iPadThat. Il s’agit d’un logiciel de comptabilité made in France, constitué d’une suite d’outils complète pour l’automatisation et la simplification de la gestion comptable et financière. Il est basé sur la technologie de reconnaissance optique de caractère ou OCR.
Plus un logiciel de gestion que de comptabilité, iPadThat s’adresse prioritairement aux directeurs financiers, startup, TPE et PMEE. Il détient de nombreuses fonctionnalités. Après des évolutions rapides, ce logiciel offre actuellement des services centrés sur 4thématiques : la facturation, la comptabilité, le suivi de trésorerie et la note de frais.
En plus de la simplification de la facturation, le logiciel valorise les données « propres » récoltées à travers les flux financiers, ce qui aide chaque utilisateur à gagner du temps grâce à un suivi en temps réel. Sa facilité d’utilisation ainsi que son design figurent également parmi les points forts d’iPaidThat. Pratique, cet outil peut être déployé sur ordinateur, téléphone mobile et tablette.
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7. Sinao
Fonctionnel depuis 2015, Sinao est actuellement l’outil de comptabilité de référence pour de nombreuses TPE et PME. Il permet à ses utilisateurs de simplifier les tâches administratives qui auparavant étaient assez contraignantes. C’est le logiciel idéal pour améliorer ses processus en interne.
Les entrepreneurs peuvent rapidement répondre à la demande de leurs clients grâce à un module efficace d’édition de devis. Les factures pourront facilement être générées. Sinao dispose également d’un module de pré-comptabilité. Il sera possible aussi d’effectuer un suivi rigoureux des dépenses et de gérer ses opérations bancaires. Le logiciel peut être connecté avec un compte en banque.
Sinao procure réellement de nombreux avantages. Il est plutôt simple à prendre en main et dispose d’un support client assez réactif. Par ailleurs, une plateforme spéciale sur mobile est également disponible pour garder un œil sur sa comptabilité de n’importe où. Quelques fonctionnalités sont même gratuites.
8. Swapn
Swapn est une plateforme française tout-en-un pensée pour les créateurs d’entreprise et les indépendants. Au-delà de l’accompagnement à la création de société (SASU, EURL, SAS, SARL), Swapn propose un outil de comptabilité complet et accessible, idéal pour les TPE qui veulent garder la main sur leurs finances sans se perdre dans des interfaces complexes.
Côté fonctionnalités comptables, Swapn couvre l’essentiel : tenue comptable mensuelle, déclarations de TVA automatisées et bilan annuel attesté par un expert-comptable. Une application intuitive permet de gérer ses obligations comptables en autonomie, avec un support disponible 24/7 directement dans l’app. Que vous soyez une société ou profession libérale, les offres s’adaptent à votre structure.
Le tarif démarre à 29 € HT/mois pour la tenue comptable mensuelle, et le bilan annuel est proposé à partir de 199 € HT/an — des prix transparents et sans engagement. Swapn est d’ores et déjà adopté par plus de 10 000 entrepreneurs, ce qui témoigne de la confiance accordée à la plateforme.
9. EBP
L’utilisation de logiciels comme EBP permet d’automatiser un certain nombre des tâches administratives. Cet outil est d’ailleurs très utilisé par des entreprises de secteurs divers (BTP, automobile, services, etc.). Les modules disponibles sont nombreux, centralisant la réalisation de plusieurs types d’opération en un seul mécanisme.
Il s’agit d’une plateforme très complète dédiée essentiellement au traitement comptable. Elle permet notamment d’éditer les devis et les factures en quelques clics. Par ailleurs, EBP inclut aussi un programme particulier pour gérer plus facilement les taxes ou les amortissements. L’outil est également spécialisé dans la gestion de paie des fournisseurs et des employés.
EBP constitue une solution plutôt économique pour administrer les finances de son entreprise de manière efficace. Le logiciel dispose d’une interface ergonomique et présente une importante flexibilité. En termes de sécurité, les données des utilisateurs et de leurs clients seront très bien protégées.
10. Sage
Sage est un éditeur réputé, très connu dans le monde des affaires. Il est d’ailleurs l’un des pionniers en la matière. Deux solutions sont offertes par le spécialiste britannique pour les TPE et PME. Ces dernières pourront opter, soit pour Sage Business Cloud, soit pour Sage 50.
Le premier est, comme son nom l’indique, à 100 % hébergé dans le Cloud. En effet, il s’agit d’un outil connecté procurant plusieurs fonctionnalités pratiques pour les entrepreneurs. Pas d’installation requise pour son déploiement et des mises à jour seront faites automatiquement suivant les normes comptables actuelles.
En outre, Sage 50 est aussi fourni en ligne ou directement via desktop. Il est très utile pour automatiser un certain nombre de tâches. Tout peut être géré à partir d’un unique outil, de la facturation aux transactions bancaires, ou encore les calculs fiscaux. Il sera d’autant plus simple de générer des rapports ou établir un budget.
11. Xero
Xero est un logiciel de comptabilité en ligne conçu pour les petites entreprises et les travailleurs indépendants. Il offre une gamme complète de fonctionnalités comptables, telles que la gestion des factures, la gestion des paiements, la gestion des dépenses et la paie. En utilisant Xero, les entreprises peuvent facilement suivre leurs transactions financières et gérer leurs tâches comptables. Les utilisateurs peuvent également suivre les stocks et les projets, ainsi que collaborer avec d’autres membres de l’équipe ou leur comptable.
Xero dispose d’une interface utilisateur intuitive et facile à utiliser, même pour ceux qui n’ont pas de connaissances comptables avancées. Le logiciel offre également des fonctionnalités de gestion des clients, permettant aux entreprises de suivre les factures impayées et les historiques des clients, ainsi que des rapports détaillés pour aider les entreprises à mieux comprendre leurs finances.
Xero s’intègre également avec plus de 800 applications tierces pour une expérience plus complète et est disponible sur appareil mobile pour une utilisation en déplacement. Xero offre une version d’essai gratuite de 30 jours et des plans d’abonnement abordables pour les petites entreprises.
12. Cegid
Cegid est un pur produit made in France ayant vu le jour à Lyon et fondé par le très célèbre Jean-Michel Aulas. C’est un véritable allié pour les entrepreneurs ayant besoin d’un outil polyvalent pour gérer leur société.
Il est tout d’abord nécessaire de parler de Cegid Gérer Ma Boite, le logiciel idéal pour une gestion financière simplifiée. Les utilisateurs ont la possibilité de créer des devis et factures plus rapidement. Ils pourront avoir un œil sur leur flux de trésorerie. Toutes les données comptables seront, en plus, facilement accessibles. Le plan tarifaire est à 24,90 euros par mois.
Cegid Quadra Entreprise est l’autre solution intéressante pour les PME. L’outil dispose de tous les modules adéquats quant à la réalisation de sa comptabilité générale. Il sera facile de sortir des états ou d’effectuer des bilans. Le logiciel est aussi utile pour la gestion de la paie, des achats ou encore des stocks.
13. Kiwili
Kiwili est un outil numérique de gestion de projet et de comptabilité fourni par un éditeur québécois. Il s’agit d’une plateforme plutôt polyvalente avec des modules adaptés pour toutes les tailles d’entreprise. Simple d’utilisation, elle permet d’optimiser les processus administratifs en interne.
En termes de fonctionnalités, Kiwili devrait répondre à de nombreux besoins de ses utilisateurs. C’est le logiciel qu’il faut pour constituer son budget et faire le suivi des entrées et des sorties de trésoreries. Les responsables pourront ensuite rédiger facilement des rapports grâce à un affichage ergonomique des données comptables.
Comme de nombreuses autres plateformes de ce type, Kiwili dispose de templates personnalisables de devis ou de factures. Il est possible de recevoir des paiements (facture en ligne) via Paypal et Stripe. Le premier forfait de l’outil est le forfait « Facturation » disponible à partir de 16$/ mois.
14. Zoho Books
Zoho Books est un logiciel de comptabilité en ligne conçu pour les petites entreprises. Il offre une gamme complète de fonctionnalités de comptabilité, y compris la gestion des factures, la gestion des stocks, la gestion des dépenses et la préparation des déclarations fiscales. Les utilisateurs peuvent également gérer la paie et effectuer des paiements en ligne directement depuis le logiciel.
Zoho Books offre également des fonctionnalités de gestion des clients, permettant aux entreprises de suivre les transactions et les historiques des clients, ainsi que des rapports détaillés pour aider les entreprises à mieux comprendre leurs finances. Le logiciel est facile à utiliser et dispose d’une interface intuitive, même pour ceux qui n’ont pas de connaissances comptables avancées.
Le logiciel offre une version d’essai gratuite, ainsi que des plans d’abonnement abordables pour les petites entreprises.
15. Macompta
Un site comme Macompta.fr est une plateforme de premier choix pour les entrepreneurs qui démarrent. C’est un outil de gestion comptable 100 % en ligne, permettant une automatisation d’un certain nombre d’opérations. Les utilisateurs pourront alors compter sur une solution efficace pour les sociétés d’à peine 20 salariés.
Actuellement, plus de 15 000 personnes ont déjà misé sur Macompta.fr. Celles-ci auront ainsi l’opportunité de mieux gérer leur facturation, les paiements ou la fiscalité. Un tableau de bord sera mis à disposition pour avoir de la visibilité sur la situation financière de l’entreprise.
Macompta.fr est assez facile à maîtriser. De plus, les utilisateurs pourront faire appel au service client en cas de soucis. Par ailleurs, le site fournit une bibliothèque de guides pratiques. Ce sont des supports contenant toutes les recommandations d’usage en fonction de l’activité exercée (artisan, commerce, association, etc.).
Les différents types de logiciels de comptabilité
Il y a une confusion fréquente sur ce que recouvre exactement l’appellation « logiciel de comptabilité ». En réalité, derrière ce terme se cachent des outils très différents selon leur niveau de fonctionnalités. Je t’explique les distinctions clés.
Les logiciels de comptabilité complète
Ce sont les outils qui te permettent d’aller jusqu’à la déclaration de la liasse fiscale, le bilan et le compte de résultat. Ils remplacent — ou complètent — le travail d’un expert-comptable. Dans ce comparatif, Pennylane, Sage 50, EBP, Cegid, Indy, Tiime et MaCompta.fr appartiennent à cette catégorie.
Les logiciels de pré-comptabilité
La pré-comptabilité regroupe la facturation, le suivi des dépenses, le rapprochement bancaire et la gestion des justificatifs. Ces outils ne produisent pas la liasse fiscale mais facilitent considérablement le travail de l’expert-comptable. Evoliz, Axonaut et Sellsy sont des exemples de cette catégorie.
Les logiciels de facturation simple
Ces outils se concentrent sur la création et l’envoi de factures et de devis. Ils sont souvent proposés en version gratuite ou à très faible coût. Abby et Freebe en font partie pour les profils les plus simples.
Les ERP avec module comptable
Certains outils comme Odoo ou Cegid sont des ERP (Enterprise Resource Planning) qui incluent un module comptable parmi de nombreuses autres fonctionnalités. Ils s’adressent aux structures plus importantes qui ont besoin de centraliser toute leur gestion.
La facturation électronique obligatoire en 2026 : ce que ça change pour toi
C’est le sujet brûlant du moment dans le monde des logiciels comptables. À partir de septembre 2026, toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA devront être capables de recevoir des factures électroniques. L’émission obligatoire sera progressive selon la taille de la structure.
Concrètement, cela signifie que tu vas devoir t’assurer que ton logiciel de comptabilité est compatible avec ce nouveau standard. Les solutions qui ont déjà obtenu leur certification NF525 ou leur agrément PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire) sont Pennylane, Sage 50, EBP et MyUnisoft. D’autres comme Tiime et Indy sont en cours de certification.
Si tu es en train de choisir un logiciel de comptabilité en 2026, je te conseille fortement de privilégier une solution déjà certifiée ou en voie de l’être. Changer d’outil à la dernière minute pour se mettre en conformité sera beaucoup plus coûteux en temps et en argent.
Comment choisir son logiciel de comptabilité ?
Voici les critères que j’utilise pour orienter mes recommandations, du plus important au moins discriminant.
Ton statut et la taille de ta structure
C’est le premier filtre à appliquer. Un micro-entrepreneur n’a pas les mêmes besoins qu’une PME de 30 salariés. Pour les indépendants et auto-entrepreneurs : Indy, Tiime, Abby ou Freebe seront amplement suffisants. Pour les TPE et PME : Pennylane, Sage 50, EBP ou Axonaut selon tes besoins. Pour les PME et ETI avec des besoins complexes : Cegid ou Odoo.
Le niveau d’autonomie souhaité
Est-ce que tu veux gérer ta comptabilité toi-même ou collaborer avec un expert-comptable ? Si tu veux gérer seul, privilégie des solutions avec une interface intuitive comme Indy, Tiime ou Abby. Si tu travailles avec un cabinet, Pennylane, MyUnisoft ou Sage 50 faciliteront la collaboration.
La conformité à la facturation électronique
En 2026, ce critère est devenu incontournable. Assure-toi que la solution que tu choisis est déjà certifiée NF525 ou dispose d’un agrément PDP, ou qu’elle est en cours de certification avec un calendrier clair. Ne passe pas à côté de cette obligation réglementaire.
Le prix et le rapport qualité-prix
Les prix varient énormément selon les solutions : de 0€ pour les versions gratuites jusqu’à plusieurs centaines d’euros par mois pour les ERP complets. Pour une TPE, un budget de 15 à 50€/mois permet déjà d’accéder à d’excellentes fonctionnalités. Ne choisis pas uniquement le moins cher — la qualité du support client et la fiabilité de la solution valent souvent quelques euros de plus par mois.
La qualité du support client
Quand ta comptabilité est bloquée, un bon support client vaut de l’or. Les solutions qui se démarquent sur ce point sont Evoliz, Tiime et Axonaut. Les acteurs historiques comme Sage et EBP ont l’avantage d’un réseau dense de partenaires et de revendeurs locaux.
Les intégrations avec tes autres outils
Connecte-toi à ta banque en ligne, à ton logiciel de paie, à ton CRM ou à ta boutique e-commerce ? Vérifie les intégrations disponibles. Xero brille par son marketplace d’intégrations. Les solutions françaises proposent généralement les connexions bancaires essentielles et des intégrations avec les outils les plus courants
